De första försöken att flyga ut turisterna med helikopter fick avbrytas på grund av häftiga regn. Då hade räddningsstyrkan lyckats evakuera 75 turister.
En peruansk bergsguide och en argentinsk turist dog vid en olycka på den sju mil långa inkavägen från Cusco över bergen till Machu Picchu-ruinerna.
Många av de strandsatta turisterna befinner sig annars på hotellen eller vid järnvägsstationen i Agua Calientes som ligger i dalen nedanför ruinerna.
– Många har slut pÙ� kontanter och ber om mat och vatten till sina barn och om tak över huvudet, säger Alva Ramirez från Mexiko, till Sky News.
All tågtrafik har ställts in på grund av ovädren.
– Vi kommer att agera omedelbart. Fem helikoptrar har satts in, sa premiärminister Javier Velasquez som besökte det drabbade området på tisdagen.
Peruanska myndigheter säger att minst fem personer omkommit i översvämningarna.
Närmare 1 300 hem har raserats i fattiga jordbruksområden efter översvämningarna. Totalt är runt 12 000 människor drabbade av översvämningarna.
