Åtta personer har hittills hittas döda, medan 55 personer, varav 16 utlänningar, ska ha skadats.
Bombdåden är de svåraste i Indonesien sedan 2005. Misstankarna har riktats mot såväl den militanta islamistgruppen Jemaah Islamiyah som den malaysiskfödde muslimske extremisten Noordin Mohammad Top, skriver TT.
Polisen uppger att bomberna som använts är av samma typ som tidigare använts av Noordin, som också misstänks ligga bakom bombningen på Bali 2002, då sex svenskar var bland de över 200 offren.