Grekiska flygbolaget Olympic ställer in 32 flygningar och inrikesflygbolaget Aegean senarelägger elva flygningar.
Även svenska charterresenärer drabbas av förseningar.
– För vår del är det en flygning till Kreta från Malmö som försenas i en timme och fyrtio minuter. I övrigt har vi ett tiotal flygningar till Kreta som kommer att försenas i ungefär en timme, säger Magdalena Öhrn på Ving till TT.
Även Apollo och Fritidsresor rapporterar att dagens Greklandsflyg kommer att bli försenade – förseningar på upp till en och en halv timme.
Den fyra timmar långa strejken varar mellan 08.00 och 12.00 svensk tid. Orsaken till strejken är oenighet om tekniska frågor kring flygledningen.